Położony jest na obszarze Popradzkiego Parku Krajobrazowego. Chroniony jest tutaj głównie las bukowo-jodłowy. W lesie tym można spotkać liczne stanowiska wychodni skalnych, m.in. gruboławicowe piaskowce, oraz zlepieńce. Buczyna karpacka, która jest dominującym gatunkiem w tym rezerwacie występuje w 2 wariantach: żyznym i ubogim. Poza buczyną drzewostan uzupełniają domieszki jodły, które są niekiedy dość starymi okazami, a cześć z nich stoi martwa, co nie oznacza, że jest nieprzydatna. W martwych częściach jodeł zwoje gniazda mają dziuplaki. W 40% na terenie Rezerwatu Wierchomla można spotkać drzewa o maksymalnym wieku 40 lat.

Na terenie rezerwatu swoje źródła ma rzeka Pusta, która stanowi dopływ potoku Wierchomlanka. W 4 miejscach woda wypływa z pod ziemi, dając początek Pustej. Cały obszar może przypominać pierwotną puszczę typu górskiego. Jednakże w okolicach rezerwatu można spotkać młode drzewostany, które tworzą swoisty bufor ochronny dla rezerwatu przyrody Wierchomla.