Wnętrze cerkwi zawiera ikonostas pochodzący z XVIII wieku. Przy nim zlokalizowano dwa ołtarze boczne. Południowy ołtarz późnobarokowy pochodzi z XVII wieku i zawiera obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, przedstawionej jako królowa Nieba i Ziemi. Ołtarz północny, rokokowy pochodzi z XVIII wieku i znajduje się w nim obraz św. Barbary. Według legendy obraz św. Barbary znajdował się w latach 1769-1770 w polowym ołtarzu konfederatów barskich w czasie, gdy mieli oni swój obóz w okolicy Muszynki.
Oprócz tego obrazu w ołtarzu znajdują się również rzeźby św. św. Piotra i Pawła. W samym pomieszczeniu ołtarzowym głównym znajduje się jedynie obraz Trójcy Świętej, który prawdopodobnie jest ostatnim elementem niezachowanego do dziś większego ołtarza. We wnętrzu przetrwała w dość dobrym stanie polichromia ornamentalna, którą wykonano na przełomie XIX i XX wieku. Jest ona utrzymana w tonacji błękitu. Zainteresowanie wzbudzić powinna także ambona z postaciami ośmiu Ojców Kościoła.
Muszynka