Beskid Sądecki zbudowany jest ze skał osadowych, które nazywane są, zresztą w całych Karpatach Zachodnich, z którego są zbudowane - fliszem karpackim. Piaskowce, łupki oraz skały margliste, które zalegały na obszarze Karpat, zostały sfałdowane w okresie trzeciorzędowym i uległy spiętrzeniu. Skutkiem tego było powstanie płaszczowiny magurskiej, która jest główną jednostką strukturalną w całych Karpatach Zachodnich.
Ławice piaskowcowe oraz zlepieńce, które pochodzą z piaskowca magurskiego budują Beskid Sądecki. Częściowo udział w budowie podłoża skalnego miały warstwy starsze: podmagurskie łupki pstre, margle. Beskid Sądecki jest miejscem występowania licznych jezior osuwiskowych, których dość dużo jest w Rezerwat przyrody Baniska ( 141,96 ha). Wraz z jeziorami powstawało wiele osuwisk fliszowych oraz innych form osuwiskowych, które można podziwiać w wspomnianym rezerwacie, na Zadnich Górach ( 968 m n.p.m.) czy Wietrznych Dziurach ( 1038 m n.p.m.).
Wierzchnia warstwa glebowa w Beskidzie Sądeckim to typowy utwór górski oraz podgórski. Dominują tutaj brunatne gleby kwaśne i wyługowane, glina oraz w dolinach rzecznych gleby aluwialne: mady. Gleby te są słabe, posiadają klasę IV ( połowa obszaru) oraz w jednej trzeciej gleby piątoklasowe. Najwyższą II klasę posiada zaledwie 2% obszaru Beskidu Sądeckiego.
Popradzki Park Krajobrazowy fot. Artur Wolski