Beskid Sądecki zbudowany jest ze skał osadowych, które nazywane są, zresztą w całych Karpatach Zachodnich, z którego są zbudowane - fliszem karpackim. Piaskowce, łupki oraz skały margliste, które zalegały na obszarze Karpat, zostały sfałdowane w okresie trzeciorzędowym i uległy spiętrzeniu. Skutkiem tego było powstanie płaszczowiny magurskiej, która jest główną jednostką strukturalną w całych Karpatach Zachodnich.

Ławice piaskowcowe oraz zlepieńce, które pochodzą z piaskowca magurskiego budują Beskid Sądecki. Częściowo udział w budowie podłoża skalnego miały warstwy starsze: podmagurskie łupki pstre, margle. Beskid Sądecki jest miejscem występowania licznych jezior osuwiskowych, których dość dużo jest w Rezerwat przyrody Baniska ( 141,96 ha). Wraz z jeziorami powstawało wiele osuwisk fliszowych oraz innych form osuwiskowych, które można podziwiać w wspomnianym rezerwacie, na Zadnich Górach ( 968 m n.p.m.) czy Wietrznych Dziurach ( 1038 m n.p.m.).