Beskid Sądecki, ze względu na swoje położenie, ma bardzo zróżnicowany klimat. Wyżej położone tereny na głównych pasmach górskich cechują się długą zimą z większymi opadami śniegu. Wpływ na to ma wiatr. Z kolei kotliny górskie, w tym największa Kotlina Sądecka, charakteryzuje się łagodniejszym klimatem, co wykorzystywane jest przez rolników do uprawy drzew owocowych i rozwoju sadownictwa.
Beskid Sądecki posiada trzy strefy klimatyczne:
I. do 750 m n.p.m. piętro umiarkowanie ciepłe, średnia temperatura od +6 do +8°C
II. 750 - 1100 m n.p.m. piętro umiarkowanie chłodne, średnia temperatura od +4 do +6°C
III. powyżej 1100 m n.p.m. piętro chłodne, średnia temperatura +4°C.
W górnych partiach Beskidu Sądeckiego występuje duża ilość opadów: średnio 1400 mm rocznie, w zależności od ekspozycji stoków: północne mają ich więcej niż południowe. Rejon Kotliny Sądeckiej to zdecydowanie mniejsza ich ilość: 700-900 mm. Najbardziej deszczowymi miesiącami są czerwiec i lipiec a minimlana ilość spada w miesiącach zimowych
Najcieplej w Beskidzie Sądeckim jest w lipcu, gdzie średnia temperatura w niżej położonych obszarach wynosi 18°C. Z kolei najzimniejszymi miesiącami są styczeń i luty, a w wyższych partiach odnotowuje się niskie temperatury oraz dłuższą zimę o nawet 2 tygodnie w porównaniu z kotlinami. Pokrywa śnieżna potrafi się utrzymywać tutaj od października do kwietnia.