Dunajec

Beskid Sądecki to region obfitujący w wodę, posiadające bogate jej zasoby, a łączna ilość rzek, potoków oraz strumieni to blisko 1900. Główną rzeką jest Dunajec, który płynąc przy granicy Beskidu Sądeckiego oddziela go od Pienin, Gorców oraz od Beskidu Wyspowego. Jest on również osią Kotliny Sądeckiej i skupia osadnictwo w tym miejscu.

Poprad i Kamienica

Drugą ważną rzeką jest Poprad. Płynąc od naszych południowych sąsiadów w Beskidzie Sądeckim tworzy meandry, stanowiac również granice pomiędzy Polską a Słowacją. Główne skupienie meandrów znajduje się pomiędzy miejscowością Muszyna a Piwniczna Zdrój. W dalszej części Poprad przechodzi doliną przełomową przez Beskid Sądecki, pomiędzy Piwniczną a Rytrem. Trzecią co do wielkości rzeką jest >Kamienica Nawojowska. Uchodzi ona do Dunajca w miejscowości Nowy Sącz. Stanowi ona granicę między Beskidem Sądeckim a Niskim.

Potoki

Pozostałe cieki wodne to górskie potoki, spływające do większych rzek, lub też bezpośrednio do Dunajca. Rzeki tego terenu mają nieregularną ilość przepływów, co wiąże się z ilością opadów na terenie dorzeczy i warunków ukształtowania terenu. Beskid Sądecki posiada również znaczną ilość źródeł wód mineralnych występujących w okolicach Krynicy-Zdroju, Muszyny, Piwnicznej-Zdrój, Szczawnicy czy Żegiestowa-Zdrój.