Ma źródła na wysokości około 1150 m n.p.m. Obszar źródliskowy obejmuje północną cześć stokową Złomistego Wierchu ( 1224 m n.p.m.) i Wielkiej Przehyby ( 1191 m n.p.m.). Przebieg potoku jest dość kręty, wciska się w dolinę o znacznej głębokości, która jest całkowicie zalesiona. Wpada on do Potoku Średniego, w zasadzie się z nim łącząc, przepływając wcześniej przy podnóżach Góry Koniecznej( 990 m n.p.m.), Wdżarów Wyżnych ( 856 m n.p.m.) i Magorzycy ( 881 m n.p.m.).

Dolina potoku Borsudzyny objęta jest ochroną w postaci Popradzkiego Parku Krajobrazowego